Kota Surabaya merupakan wilayah perkotaan yang memiliki beberapa hutan mangrove di wilayah pesisir pantainya. Diawali pada Tahun 2018, oleh Ibu Megawati Soekarnoputri selaku Ketua Yayasan Kebun Raya Indonesia (YKRI) bersama Lembaga Ilmu Pengetahuan Indonesia (LIPI) melalui Walikota Surabaya saat itu yaitu Ibu Tri Rismaharini dimulailah kegiatan pembangunan Kebun Raya Mangrove Surabaya.
Melalui tongkat estafet dari Ibu Tri Rismaharini selaku Walikota sebelumnya Pembangunan tersebut secara bertahap dan berkesinambungan mulai dikerjakan kembali di tahun 2021 sampai dengan saat ini tahun 2023 oleh Bapak Eri Cahyadi selaku Walikota Surabaya. Kebun Raya Mangrove juga digunakan untuk kepentingan rekreasi/wisata masyarakat secara umum, dan khususnya pengembangan sumber pangan alternatif serta sebagai habitat flora, fauna pesisir dan kawasan konservasi.
Sesuai Surat Keputusan (SK) Walikota :
188.45/145/436.1.2/2018 tentang Penetapan Lokasi Kebun Raya Mangrove Surabaya.
Dan berdasarkan Peraturan Walikota Surabaya Nomor 41 Tahun 2023 tentang pembentukan dan susunan organisasi unit pelaksana teknis kebun raya mangrove pada Dinas Ketahanan Pangan dan Pertanian Kota Surabaya, maka dibentuk UPT. Kebun Raya Mangrove Surabaya.
Jl. Wisata Mangrove Gunung Anyar Tambak Kec. Gunung Anyar;
Jl. Medokan Sawah, Kel. Medokan Ayu, Kec. Rungkut;
Jl. Wonorejo Timur Kel.wonorejo Kec. Rungkut.